ご質問のことですが、競技中の眼鏡の使用については、その眼鏡が相手競技者および本人に危険がないと主審が判断すれば良いとされていることは、ご承知の通りです。少年の場合に、まだコンタクトレンズを使用出来ないことがあり、眼鏡を使用せざるを得ないことがあります。その場合に主審が、眼鏡は使用出来ないと思っているならば、それは主審の理解不足と言えるでしょう。
そのような事態を防ぐには、大会本部が危険のない眼鏡は選手の出場には支障なしの見解を代表者会議で徹底しておくことではないでしょうか。また、現実にそのようなことが起きた時は、チーム代表者が大会本部を通して主審に、ルール上差し支えないことを説明することも一つの解決策になると思います。まだ、日本ではサッカー用の眼鏡は開発販売されていないようです。また、世界的にも普及されていないのが現状ですから、2005FIFAガイドラインとなっているのでしょう。
今回の質問は、以前にも同様の質問が寄せられました。そのことから、依然として眼鏡使用の問題があることがわかります。主審としては、出来る限りプレーが出来るように最善の配慮をしてあげることが大切と考えます。